如那他珠单抗靶向α4、维多珠单抗靶向α4β7,通过阻止异常的淋巴细胞进入中枢神经系统治疗多发性硬化症或者进入胃肠道治疗克罗恩病。
南都:最近你向质粒共享信息库 Addgene 提交了更详细的新版实验方法,其中补充了数项应特别注意的问题。7月14日,方舟子发博文质疑韩春雨,称国内多家实验室反映他们重复不出韩春雨论文的实验结果。
对于是否有人已经复制成功,对实验结果是否仍然有信心,韩春雨表示,《自然》的最新报道是最全面的,除此之外均不作回应。韩春雨因此走红网络,被许多人视为在普通学校也能做出一流科研成果、耐得住寂寞搞科研的典型样本。还有一些细节,例如如何磷酸化ssDNA,以及避免Mg离子损失。据科学美国人中文版《环球科学》的微信公众号科研圈介绍,新版实验步骤有几处变化:1.血清品牌由 Hyclone 变更为Gibco。其实这个工作是所有科学家都可以做的。
新版方法刚刚公布,尚未有人公开声称调整后的方法有效。质疑者之一的布尔焦说。阳性参考品应涵盖产品说明书中的预期用途与检测范围的变异型样本,检测结果应为阳性。
若没有通用的标准,则企业应当设立自己内部的标准,以保证比对结果的准确性。本指导原则是对企业和检验人员的指导性文件,但不包括注册审批所涉及的行政事项,亦不作为法规强制执行,如果有能够满足相关法规要求的其他方法,也可以采用,但是需要提供详细的研究资料和验证资料。如果是分型检测试剂和耐药突变检测试剂还要明确报告病原微生物的型别及耐药突变位点信息。4. Next-Generation Sequencing for Infectious Disease Diagnosis and Management: A Report of the Association for Molecular Pathology. The Journal of Molecular Diagnostics, 2015, 17(6):623-634。
各种RNA的混合物称为总RNA。若预期用途为检测病原微生物,用于精密性评价的参考品建议覆盖弱阳性样本。
建议提交酶活性、热稳定性及工作效率等验证资料。企业根据产品预期用途,设计具体的采集量标准,企业应明确采集量判断标准及方法。建立专用实验室,实验室应当严格分区,人员和物品应当单向流动,以最大限度地防止实验过程中样本之间的污染和避免扩增产物的污染。二、 适用范围本指导原则适用于基于NGS技术的检测试剂的质量评价。
2.2 引物、探针及接头引物、探针及接头均是由一定数量的dNTP构成的特定序列。2. 阴性、阳性参考品2.1 预期用途为检测人源基因阴性参考品应涵盖产品说明书中的预期用途与检测范围的野生型样本,检测结果应为阴性。4.3 若预期用途为检测人源基因,用于精密性评价的参考品建议覆盖低频率样本。在多样本混合检测时,充当一个识别特定样本来源的唯一标志。
企业需要对样本测序结果各个位点的测序覆盖度和深度有明确的计算方法和详细的描述。参考序列应具有明确溯源性,可以是全基因组序列或基因片段序列。
企业应制定核酸序列片段化操作流程及质量控制方案,对经过片段化的核酸短序列的浓度、纯度及大小等参数进行检测并详细记录。6. 生物信息学分析软件用于对原始测序结果进行分析并报告最终检测结果。
2. 测序文库构建组分的主要组成、原理介绍及相关的验证资料构建测序文库的主要原料(脱氧三磷酸核苷、接头序列、连接酶、聚合酶、逆转录酶、限制性内切酶、引物、探针、接头及其他主要原料)的选择、制备、质量标准及研究资料。企业应根据具体应用情况,如测序区域的大小及序列特征等因素确定测序所需要的覆盖度及深度。2. 试剂生产企业生产质量管理体系应符合《医疗器械生产质量管理规范》及《医疗器械生产质量管理规范附录体外诊断试剂》的要求,并应通过《医疗器械生产质量管理规范体外诊断试剂现场检查指导原则》的核查。企业应制定标准操作流程及质量控制方案,记录包括靶向序列片段的浓度、纯度及大小等参数。建议最低检出限参考品 优先使用临床获得的生物样本(细胞系、病原微生物等)。核酸纯化的质量及检测方法。
数据分析原材料能影响检测结果,企业应提供尽量完整的研究资料,如数据库(参考序列)的溯源性、生物信息学分析软件的算法以及数据储存中心的安全性与稳定性等。一般地,测序均匀度越好,覆盖度越广,深度越深,待测基因序列的拼接结果越准确。
7. 第二代测序(next generation sequencing,NGS)又称大规模平行测序、高通量测序或深度测序等,指采用边合成边测序的原理(光学法和半导体芯片法)对于几十万到几百万核酸分子同时进行的测序反应,再通过生物信息学分析法得到的待测样本的核酸序列等信息的测序技术。16. 条码(barcode)或标签(index)指一段特征性的脱氧核苷酸短片段。
对于数据分析原材料,若企业自己提供,应具有完整的生物信息学分析软、硬件能力,制定相应的开发、维护及升级等方案。1. 样本收集样本可以为人体样本(如体液、组织、排泄物等)或病原微生物分离培养物(如血培养物、痰培养物等)。
建议提交对纯度、浓度及保存稳定性等的验证资料。(二) 主要原材料NGS检测试剂的主要原材料包括实验原材料和数据分析原材料。2.3 连接酶、聚合酶、逆转录酶及限制性内切酶连接酶、聚合酶、逆转录酶及限制性内切酶应具有相应的酶活性。4.1 序列比对拼接序列比对是指利用生物信息学软件,将短的测序片段与参考序列进行比对后完成拼接的过程。
建议从以下方面对NGS检测试剂的精密性进行评价:4.1 对可能影响检测精密性的主要变量进行验证,还应对第二代测序仪、操作者及地点等因素进行相关的验证。若预期用途为检测未知病原微生物,难以提前确定参考序列,可以将测序结果进行互相比对,在此基础上完成长序列的拼接。
待测样本可以是人源样本(如体液、组织、排泄物等)或病原微生物分离培养物(如血培养物、痰培养物等),检测对象可以是脱氧核糖核酸(DNA)、核糖核酸(RNA)或两者的混合物。6.4 对于适用多个仪器的产品,应提供所有适用型号仪器的性能评估资料。
企业应制定明确的检测结果解读与报告的标准操作流程,对不明确的检测结果以及非预期检测结果应有详细明确的处置方案。对于已存储的数据,原则上允许对其进行基于新预期用途的重复分析,但禁止出具新的检测报告。
若预期用途为检测病原微生物,检测结果应明确测序样本中是否含有待测病原微生物。10. Translating Cancer Genomes and Transcriptomes for Precision Oncology. CA: A Cancer Journal for Clinicians, 2016, 66:75-88.附录名词解释1. 脱氧核糖核酸(DNA)核酸的一种。企业使用条码或标签时,需充分验证并满足测序所需的质量要求,如测序深度、覆盖度等条件。10. 全外显子测序(whole exome sequencing,WES)指对基因组中的全部蛋白质编码区的序列进行测序。
同时,企业应对潜在的问题进行充分研究,包括但不限于:条码检出率的均匀性、条码互换比率以及条码间相互污染或干扰等因素。采集方式应详述具体的操作方法或列出相关操作指南文件以指导使用者(含图示)。
为加强第二代测序技术检测试剂的规范和指导,进一步保证和提高相关产品的质量,8月8日,中国食品药品检定研究院(中检院)组织制定了《第二代测序技术检测试剂质量评价通用技术指导原则》(下称《指导原则》)。建议企业提交数据存储中心的安全性、稳定性、维护与升级方案以及异常情况处置方案等资料。
不同类型的样本所抽提的核酸的质量可能有所差异,对于每一种类型的样本,应当明确检测所需样本的用量。不同的序列比对软件的准确性、特异性及比对速度等方面均有差异,企业需根据具体需要进行选择。